Ključna razlika između maksimalne štedljivosti i najveće vjerojatnosti ovisi o metodi korištenoj u razvoju filogenetskog stabla. Maksimalni štedljivost usredotočuje se na minimiziranje ukupnih stanja karaktera tijekom izgradnje filogenetskog stabla, dok je najveća vjerojatnost statistički pristup u crtanju filogenetskog stabla, ovisno o vjerojatnosti između genetskih podataka.
Filogenija je novi pristup klasifikaciji i nomenklaturi organizama. Filogenija se oslanja na genetske podatke i evolucijske odnose. Genetski podaci rezultat su sekvenciranja DNA. U filogeniji se klasifikacija organizama odvija na temelju zajedničkog pretka. Maksimalni parsimon i najveća vjerojatnost filogenetskog odnosa povećavaju točnost i pouzdanost filogenetskog stabla.
