Ključna razlika između alogene i autologne transplantacije ovisi o izvoru matičnih stanica za transplantaciju. Alogena transplantacija koristi nove matične stanice drugog davatelja, dok autologna transplantacija koristi vlastite matične stanice pacijenta.
Matične stanice su nediferencirane stanice koje se mogu dijeliti i diferencirati u različite druge vrste stanica. Slijedom toga, ove stanice imaju sposobnost samoobnavljanja. Stoga su temelj naših organa i tkiva. Nadalje, djeluju kao sustav popravljanja našeg tijela. Budući da su matične stanice sposobne proizvesti više stanica kćeri istog tipa ili se diferencirati u određene tipove stanica, koriste se u terapijama matičnim stanicama kako bi nadomjestile neispravno ili bolesno tkivo zdravim tkivima. Terapija matičnim stanicama može biti alogena ili autologna. Ovisi o novim matičnim stanicama koje se koriste za zamjenu tkiva u transplantaciji. U terapiji matičnim stanicama, ako su matične stanice pacijentove vlastite bolesti, poznata je kao autologna transplantacija. Ali, ako je od drugog davatelja, tada se naziva alogena transplantacija.
