Ključna razlika između bakterija i eukariota je u tome što bakterijama nedostaje prava jezgra i organele povezane s membranom, dok eukarioti posjeduju istinsku jezgru i organele vezane za membranu.
Stanica je osnovna funkcionalna i strukturna jedinica svih živih organizama. Ovisno o osnovnoj strukturi stanice, postoje dvije osnovne kategorije organizama, naime prokarioti i eukarioti. Prokarioti su jednoćelijski organizmi s jednostavnim staničnim strukturama. Uključuju dvije glavne skupine; Bakterije i Arheje. S druge strane, eukarioti imaju složene stanične strukture s dobro organiziranim stanicama. Uključuju protiste, gljive, biljke i životinje. Budući da su i bakterije i eukarioti živi organizmi, dijele neke sličnosti poput posjedovanja stanične membrane, ribosoma, DNA koja nosi genetske informacije itd. Međutim, budući da su bakterije prokarionti, bakterije i eukarioti pokazuju brojne strukturne i funkcionalne razlike s eukarionima. Ovaj članak želi istaknuti razliku između bakterija i eukariota.
