Ključna razlika između eukariotskih i prokariontskih organizama je u tome što eukariotski organizmi imaju pravu jezgru i organele povezane s membranom, dok prokariontskim organizmima nedostaje jezgra i organele vezane za membranu.
Svi živi organizmi pripadaju dvije kategorije, naime prokarioti ili eukarioti. Prokariotski organizmi pokazuju jednostavnu staničnu organizaciju, dok eukariotski organizmi pokazuju složenu staničnu organizaciju. Štoviše, prokarioti su jednoćelijski, a nedostaje im jezgra i organele povezane s membranom. S druge strane, eukarioti su općenito višećelijski i sadrže istinsku jezgru i za membranu vezane organele poput kloroplasta, mitohondrija i endoplazmatskog retikuluma, itd. Prokarionti uključuju bakterije i arheje, dok eukarioti uključuju protiste, gljive, biljke i životinje. Osim gore spomenutih razlika, više je razlika između prokariota i eukariota. Stoga je razumijevanje razlika između prokariontskih i eukariotskih organizama vrlo važno. Cilj ovog članka je raspraviti razliku između eukariotskih i prokariontskih organizama.