Ključna razlika između cijanobakterija i algi je ta što su cijanobakterije skupina prokariontskih bakterija, dok su alge mali eukariotski biljni organizmi.
Fotosinteza je izuzetno važan proces koji energiju sunčeve svjetlosti pretvara u kemijsku energiju ugljikohidrata. Stoga je proces koji omogućava određenim organizmima da sami proizvode hranu, a ti su organizmi poznati kao fotoautotrofi. Isto tako, zelene biljke, alge i cijanobakterije tri su vrste fotoautotrofa. Među ove tri vrste, cijanobakterije su prokarioti, koji su bakterije. S druge strane, zelene biljke i alge su eukariotski organizmi. Kad se razmatraju cijanobakterije i alge, oni su mikroskopski organizmi, za razliku od zelenih biljaka. Međutim, cijanobakterije i alge se međusobno razlikuju uglavnom po staničnoj organizaciji. Cilj ovog članka je objasniti razliku između cijanobakterija i algi.
