Ključna razlika - ekstrakcija DNA u odnosu na RNA
Proučavanje DNA i RNA vitalni su aspekti kako bi se razumjeli osnovni pojmovi molekularne biologije, biotehnologije i genetike. Ekstrakcija čistih uzoraka DNA i RNA neophodna je za provođenje eksperimentalnih postupaka tijekom ovih studija. Ključna razlika između ekstrakcije DNA i RNA je u tome što postupak ekstrakcije DNA pročišćava DNA dok ekstrakcija RNA pročišćava RNA. Proces ekstrakcije DNA ima tri različita koraka: liza stanica i katabolizam membrana lipida i proteina, nakupljanje katabolita koncentriranom otopinom soli i taloženje DNA etanolom. Postupak u tri koraka može se sastojati od dva neobavezna koraka. Postupak pročišćavanja RNA sastoji se od četiri različita koraka: dodavanje gvanidij-tiocijanata za lizu stanica, denaturacija proteina, uključujući ribonukleaze,odvajanje RNA dodatkom kloroforma i fenola i ispiranjem taloga etanolom.
SADRŽAJ
1. Pregled i ključna razlika
2. Što je ekstrakcija DNA
3. Što je ekstrakcija RNA
4. Sličnosti između ekstrakcije DNA i RNA
5. Usporedba - Usporedba DNA protiv RNA u tabličnom obliku
6. Sažetak
Što je ekstrakcija DNA?
Ekstrakcija DNA je fizikalni i kemijski postupak koji se koristi za pročišćavanje DNA iz uzorka. Ekstrakcija DNA važan je aspekt u kontekstu molekularne biologije i forenzičkih znanosti. Proces se sastoji od tri osnovna koraka. U početku bi se trebale dobiti stanice od interesa. Dalje, olakšava se liza stanica kako bi se razbila stanična membrana, koja otvara stanicu i izlaže citoplazmu zajedno s DNA. Površinski aktivne tvari ili drugi deterdženti mogu se koristiti za liziranje lipida iz stanične membrane dok se prisutni proteini kataboliziraju proteazama. Ovo je neobavezan korak. Jednom kada se stanica lizira, nakupljanje kataboliziranih molekula olakšava koncentrirana otopina soli. Slijedi centrifugiranje otopine koja odvaja nakupine ostataka od DNA. U ovoj fazi,diferencirana DNA miješa se s reagensima i solima koji se koriste tijekom staničnog ciklusa.
Slika 01: Ekstrakcija DNA
Kako bi se dalje pročistio, mogli bi se koristiti sljedeći koraci. Jedna od metoda je taloženje etanola, što uključuje miješanje ledeno hladnog etanola s odvojenim uzorkom DNA. DNA je netopiva u alkoholu i na taj način proizvodi kuglicu zbog agregacije molekula DNA zajedno. Natrijev acetat se dodaje u ovaj postupak kako bi se povećao stupanj oborina povećanjem ionske snage. Uz postupak taloženja etanolom, za to bi se mogao potaknuti i postupak ekstrakcije fenol-kloroformom. U ovoj metodi fenol denaturira proteine prisutne u uzorku. Jednom centrifugirani, denaturirani proteini ostat će u organskoj fazi, dok će molekule DNA pomiješane s kloroformom biti prisutne u vodenoj fazi. Kloroform će ukloniti ostatke fenola. Nakon završetka ekstrakcije,DNA se drži otopljena u TE puferu ili ultra čistoj vodi.
Što je ekstrakcija RNA?
Pročišćavanje RNA je postupak kojim se RNA pročišćava iz biološkog uzorka. Zbog prisutnosti ribonukleaze u stanicama i tkivima, ovaj je proces kompliciran. Enzim ribonukleaza ima sposobnost brze razgradnje RNA. Kemijska priroda ribonukleaza izuzetno je stabilna i teško ih je inaktivirati. Neutraliziranje ribonukleaza je opcija. Budući da je ovaj enzim sveprisutan u stanicama i tkivima, razvijene su posebne tehnike za ekstrakciju RNA. Od mnogih metoda, uobičajena metoda je ekstrakcija gvanidinij tiocinat-fenol-kloroform.
Slika 02: Ekstrakcija RNA
Metoda ekstrakcije gvanidinij tiocinat-fenol-kloroform ovisi o centrifugiranju i razdvajanju faza. Smjesa koju treba centrifugirati sastoji se od vodenog uzorka i zasićene vodom otopine koja se sastoji od fenola i kloroforma. Jednom centrifugirana, otopina se sastoji od gornje vodene faze i donje organske faze u uvjetima neutralnog pH (pH 7-8). RNA je prisutna u vodenoj fazi. Organska faza se obično sastoji od bjelančevina otopljenih u fenolu i lipida otopljenih u kloroformu. Dodaje se kaotropno sredstvo (molekula koja ima sposobnost razbijanja vodikovih veza između molekula vode); ovo je poznato kao, gvanidinij tiocijanat. Ovo sredstvo ima sposobnost denaturiranja proteina koji uključuju ribonukleaze koje mogu razgraditi RNA i uključeno je u lizu stanica. Također razdvaja rRNA od ribosomskih proteina. Posljednji korak pročišćavanja RNA je ispiranje taloženja vodene faze etanolom. RNA se također može pročistiti tekućim dušikom.
Koje su sličnosti između ekstrakcije DNA i RNA?
- Oba postupka ekstrakcije koriste štetne kemikalije poput fenola i kloroforma.
- Centrifugiranje je bitna tehnika za oba procesa.
- Etanol se koristi za ispiranje taloga i za dobivanje pročišćene DNA ili RNA.
Koja je razlika između ekstrakcije DNA i RNA?
Diff Article Sredina prije tablice
Ekstrakcija DNA vs RNA |
|
| Ekstrakcija DNA je postupak kojim se DNA izvlači iz organizma ili uzorka. | Ekstrakcija RNA je postupak kojim se RNA ekstrahira iz uzorka. |
| Koraci | |
| Postupak ekstrakcije DNA sastoji se od tri različita koraka s dva neobavezna koraka. | Proces ekstrakcije RNA sastoji se od četiri različita koraka. |
| Reagensi | |
| Za ekstrakciju DNA koriste se tenzidi, proteaze (po izboru), alkohol, kloroform, fenol, natrijev acetat. | Za ekstrakciju RNK koriste se gvanidijum tiocijanat, kloroform, fenol, etanol. |
Sažetak - Ekstrakcija DNA vs RNA
Ekstrakcija DNA i RNA vitalni su aspekti eksperimentalnih postupaka za proučavanje molekularne biologije, genetike i biotehnologije. Oba postupka uključuju slične reagense, ali ekstrakcija RNK koristi poseban reagens poznat kao Guanidium tiocianat koji umanjuje aktivnost ribonukleaza. To je glavna razlika između ekstrakcije DNA i RNA.
Preuzmite PDF verziju ekstrakcije DNA vs RNA
Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti je u izvanmrežne svrhe prema napomeni. Ovdje preuzmite PDF verziju Razlika između ekstrakcije DNA i RNA
