Ključna razlika između BCAA i aminokiselina je u tome što je BCAA aminokiselina razgranatog lanca koja ima alifatske bočne lance s granom, dok su aminokiseline organski spojevi koji sadrže aminske skupine, karboksilne skupine i specifični bočni lanac.
Aminokiseline su gradivni blokovi proteina. Bočna skupina (R) aminokiseline određuje svojstva aminokiseline. Stoga je ova bočna skupina specifična za aminokiseline. Drugim riječima, različite aminokiseline imaju različite bočne skupine. Međutim, BCAA imaju dodatnu jedinstvenost; središnji atom ugljika vezan za tri ili više atoma ugljika.
