Ključna razlika između hidrofobnih i hidrofilnih aminokiselina je u tome što su hidrofobne aminokiseline nepolarne, dok su hidrofilne aminokiseline polarne.
Aminokiseline su gradivni blokovi proteina. Protein je divovska molekula polimera koja je bitna komponenta svih živih organizama. Nadalje, aminokiseline su uglavnom u dvije vrste kao esencijalne i nebitne aminokiseline. Štoviše, možemo ih kategorizirati kao hidrofilne i hidrofobne aminokiseline, ovisno o njihovoj fizikalno-kemijskoj prirodi. Oni se međusobno razlikuju uglavnom na temelju polariteta.