Ključna razlika između slobodnog klora i ukupnog klora je u tome što je slobodni klor količina klora koja može inaktivirati patogene mikroorganizme prisutne u vodi, dok je ukupni klor zbroj kombiniranog klora i slobodnog klora. Vrijednost slobodnog klora uvijek je niža od vrijednosti ukupnog klora.
Kombinirani klor je količina klora koji reagira sa spojevima koji sadrže dušik koji su prisutni u vodi. Stoga ovaj klor nije dostupan za postupak dezinfekcije vode. To znači da pojam ukupni klor daje ukupnu količinu klora koja je dostupna i nedostupna za inaktivaciju patogenih (bolesti) mikroorganizama u vodi.