Ključna razlika između izopentana i neopentana je u tome što izopetan sadrži četveročlani ugljikov lanac s jednom metilnom skupinom vezanom za ovaj lanac na drugom atomu ugljika u lancu, dok neopentan sadrži jedan ugljikov centar vezan s četiri metilne skupine.
Izopentan i neopentan međusobno su strukturni izomeri. Stoga oba ova spoja imaju istu kemijsku formulu; C 5 H 12. Međutim, zbog razlike između izopentana i neopentana u njihovoj kemijskoj strukturi, oni imaju različita kemijska i fizikalna svojstva. Sljedeća značajna razlika između izopentana i neopentana je ta što izopetan postoji kao bezbojna tekućina, dok je neopentan bezbojni plin pri standardnoj temperaturi i tlaku.
