Ključna razlika između tardivne diskinezije i distonije je ta što je tardivna diskinezija uvijek sekundarna u odnosu na dugotrajnu uporabu neuroleptika, ali distonija može biti posljedica različitih uzroka. Dalje, distonija je abnormalni tonus mišića koji rezultira grčenjem mišića ili abnormalnim držanjem tijela. Dok se tardivna diskinezija odnosi na nekontrolirane grimasi usta i prskanja usnica koje se razvijaju nakon dugotrajne uporabe neuroleptika.
Oba su stanja abnormalni poremećaji kretanja; distonije uključuju razne poremećaje kretanja koji se javljaju iz različitih razloga, dok je kasna diskinezija samo podskupina primarnih distonija.