Ključna razlika između E. coli i Pseudomonas aeruginosa je u tome što je E. coli fakultativna anaerobna bakterijska vrsta koja pripada obitelji Enterobacteriaceae i rodu Escherichia, dok je P. aeruginosa aerobna vrsta bakterija koja pripada obitelji Pseudomonadadaceae i rodu Pseudomonas.
I E. coli i Pseudomonas aeruginosa su gram-negativne, štapičaste i pokretne bakterije. Nadalje, oni su inkapsulirane bakterije. No, E. coli je vrsta roda Escherichia, dok je P. aeruginosa vrsta roda Pseudomonas.
