Ključna razlika između antigena i patogena je u tome što je antigen strana tvar, toksin ili molekula koja može potaknuti imunološki odgovor kako bi se stvorila antitijela protiv njega, dok je patogen organizam, posebno mikrob, koji zaražava naše tijelo i uzrokuje bolesti.
Patogeni su svi strani organizmi koji uzrokuju bolesti u biljkama i životinjama domaćinima. Antigen je molekula smještena u staničnoj stijenci bakterija ili omotaču organizama. Antigen uzrokuje da naš imunološki sustav proizvodi antitijela protiv njega i štiti naše tijelo od štetnih stranih organizama.
