Ključna razlika između O i H antigena je u tome što je O antigen najudaljeniji dio površine bakterije koji pokriva, dok je H antigen vitka nitasta struktura koja je dio bičeva.
Antigeni su mjesta molekularnog prepoznavanja prisutna u mnogim bakterijama, gljivama, virusima, česticama prašine i drugim staničnim i nećelijskim česticama koje imuni sustav domaćina može prepoznati. Općenito je većina antigena prisutna na površini stanice. Strukturno, antigeni mogu biti proteini, aminokiseline, lipidi, glikolipidi ili glikoproteini ili markeri nukleinske kiseline. Te molekule posjeduju specifičnu sposobnost da izazovu imunološki odgovor kod domaćina. Ovaj imunološki odgovor nastaje pokretanjem stvaranja antitijela kao odgovarajućeg rezultata.
Antigeni se obično koriste u sustavu identifikacije serotipa za bakterije. Salmonela je rod bakterija koji ima mnogo serotipova. Serotipovi su skupine mikroorganizama unutar iste vrste. Ti se serotipovi mogu razlikovati pomoću kombinacije O antigena i H antigena. O antigen je LPS bočni lanac, dok je H antigen dio bičeva.
