Ključna razlika između kvaternarnog amonijaka i amonijaka je u tome što molekula kvaternarnog amonijaka ima središnji atom dušika vezan za četiri alkilne skupine, dok molekula amonijaka sadrži jedan dušikov centar vezan za tri atoma vodika.
Kvartarni amonij je kation koji je izveden iz normalne molekule amonijaka. Ovdje su tri atoma vodika molekule amonijaka supstituirani sa sličnim ili različitim alkilnim skupinama, a postoji i dodatna alkilna skupina vezana za dušikov atom putem svog usamljenog elektronskog para.
