Razlika Između Mikromreže I Sekvenciranja RNA

2024 Autor: Mildred Bawerman | [email protected]. Zadnja promjena: 2023-12-16 08:39

Ključna razlika - sekvenciranje mikromreže protiv RNA

Transkriptom predstavlja cjelokupni sadržaj RNA prisutne u stanici, uključujući mRNA, rRNA, tRNA, razgrađenu RNA i nerazgrađenu RNA. Profiliranje transkriptoma važan je postupak kako bi se razumjeli uvidi u stanice. Postoji nekoliko naprednih metoda za profiliranje transkriptoma. Mikroraznim i RNA sekvenciranje dvije su vrste tehnologija razvijene za analizu transkriptoma. Ključna razlika između mikro niza i RNA sekvenciranja je u tome što se mikromreža temelji na hibridizacijskom potencijalu unaprijed dizajniranih obilježenih sondi s ciljnim cDNA sekvencama, dok se RNA sekvenciranje temelji na izravnom sekvenciranju cDNA lanaca naprednim tehnikama sekvenciranja kao što je NGS. Mikroradovi se izvode uz prethodno znanje o sekvencama, a sekvenciranje RNA bez prethodnog znanja o sekvencama.

SADRŽAJ

1. Pregled i ključna razlika

2. Što je Microarray

3. Što je sekvenciranje RNA

4. Usporedba usporedno - Microarray vs RNA Sequencing

5. Sažetak

Što je Microarray?

Microarray je robusna, pouzdana i visokopropusna metoda koju znanstvenici koriste za profiliranje transkriptoma. To je najpopularniji pristup analizi prijepisa. To je jeftina metoda, koja ovisi o hibridizacijskim sondama.

Tehnika započinje ekstrakcijom mRNA iz uzorka i izgradnjom cDNA biblioteke od ukupne RNA. Zatim se pomiješa s fluorescentno obilježenim unaprijed dizajniranim sondama na čvrstoj površini (točkasta matrica). Komplementarne sekvence hibridiziraju se s obilježenim sondama u mikromreži. Zatim se mikro-niz ispere i pregleda, a slika se kvantificira. Prikupljene podatke treba analizirati kako bi se dobili relativni profili izraza.

Pretpostavlja se da je intenzitet sondi mikromreže proporcionalan količini transkripata u uzorku. Međutim, točnost tehnike ovisi o dizajniranim sondama, predznanju o slijedu i afinitetu sondi za hibridizaciju. Stoga tehnologija mikrorazreda ima ograničenja. Tehnika mikrorazreda ne može se izvoditi s prijepisima s malim obiljem. Ne uspijeva razlikovati izoforme i identificirati genetske varijante. Budući da ova metoda ovisi o hibridizaciji sondi, u tehnici mikrorazreda javljaju se neki problemi povezani s hibridizacijom, poput unakrsne hibridizacije, nespecifične hibridizacije itd.

Slika 01: Microarray

Što je sekvenciranje RNA?

Sekvenciranje RNA sačmarice (RNA seq) nedavno je razvijena cijela tehnika sekvenciranja transkriptoma. To je brza i velika propusna metoda profiliranja transkriptoma. Izravno kvantificira ekspresiju gena i rezultira dubokim istraživanjem transkriptoma. RNA seq ne ovisi o unaprijed dizajniranim sondama ili predznanju o sekvencama. Stoga, RNA seq metoda ima visoku osjetljivost i sposobnost otkrivanja novih gena i genetskih varijanti.

Metoda sekvenciranja RNA izvodi se u nekoliko koraka. Ukupna RNA stanice mora biti izolirana i fragmentirana. Zatim se, koristeći reverznu transkriptazu, mora pripremiti knjižnica cDNA. Svaki cDNA lanac mora se povezati adapterima. Tada se vezani fragmenti moraju pojačati i pročistiti. Konačno, pomoću NGS metode, mora se izvršiti sekvenciranje cDNA.

Slika 02: RNA sekvenciranje

Koja je razlika između Microarray i RNA sekvenciranja?

Diff Article Sredina prije tablice

Mikrorazređivanje vs RNA sekvenciranje
Microarray je robusna, pouzdana, visokopropusna metoda.	RNA sekvenciranje je točna i visokopropusna metoda.
Trošak
Ovo je jeftina metoda.	Ovo je skupa metoda.
Analiza velikog broja uzoraka
To olakšava istovremenu analizu velikog broja uzoraka.	To olakšava analizu velikog broja uzoraka.
Analiza podataka
Analiza podataka je složena.	Ovom metodom generira se više podataka; dakle, postupak je složeniji.
Prethodno poznavanje sekvenci
Ova se metoda temelji na hibridizacijskim sondama, pa je potrebno prethodno poznavanje sekvenci.	Ova metoda ne ovisi o prethodnom znanju slijeda.
Strukturne varijacije i novi geni
Ova metoda ne može otkriti strukturne varijacije i nove gene.	Ova metoda može otkriti strukturne varijacije kao što su spajanje gena, alternativno spajanje i novi geni.
Osjetljivost
Ovo ne može otkriti razlike u ekspresiji izoformi, pa ovo ima ograničenu osjetljivost.	Ovo ima visoku osjetljivost.
Ishod
To može rezultirati samo relativnim razinama izraza. To ne daje apsolutnu kvantifikaciju ekspresije gena.	Daje apsolutnu i relativnu razinu izraza.
Ponovna analiza podataka
To treba ponoviti kako bi se ponovno analiziralo.	Podaci sekvenciranja mogu se ponovno analizirati.
Potreba za određenim osobljem i infrastrukturom
Posebna infrastruktura i osoblje nisu potrebni za mikromreže.	Specifična infrastruktura i osoblje potrebno za RNA sekvenciranje.
Tehnički problemi
Tehnika mikrorazreda ima tehničkih problema kao što su unakrsna hibridizacija, nespecifična hibridizacija, ograničena stopa otkrivanja pojedinih sondi itd.	RNA seq tehnika izbjegava tehnička pitanja kao što su unakrsna hibridizacija, nespecifična hibridizacija, ograničena stopa otkrivanja pojedinih sondi, itd.
Predrasude
Ovo je pristrana metoda jer ovisi o hibridizaciji.	Predrasuda je niska u usporedbi s mikromrežama.

Sažetak - Microarray vs RNA Sekvencioniranje

Metode sekvenciranja mikromreža i RNA visoko su propusne platforme razvijene za profiliranje transkriptoma. Obje metode daju rezultate koji su u visokoj korelaciji s profilima ekspresije gena. Međutim, RNA sekvenciranje ima prednosti u odnosu na mikromrežu za analizu ekspresije gena. RNA sekvenciranje osjetljivija je metoda za otkrivanje transkripata s malim obiljem od mikromreže. RNA sekvenciranje također omogućuje razlikovanje između izoformi i identifikaciju varijanti gena. Međutim, mikrorazovi su uobičajeni izbor većine istraživača jer je sekvenciranje RNA nova i skupa tehnika s izazovima pohrane podataka i složenom analizom podataka.