Ključna razlika - Microarray vs Sekvenciranje sljedeće generacije
Procesi sekvenciranja DNA široko se koriste u područjima biotehnologije, virologije, medicinske dijagnoze i forenzičkih znanosti. To je postupak koji određuje točan redoslijed nukleotida, adenina, gvanina, timina i citozina koji se nalaze u molekuli DNA. Postupci sekvenciranja DNA postali su ubrzavač čudesnih otkrića u medicinskim i biološkim istraživanjima. Ove metode sekvenciranja evoluirale su do sekvenciranja kompletnog genoma pojedinačnih organizama, uključujući ljude i druge žive vrste. Mikroredovi i sekvenciranje sljedeće generacije moderni su postupci sekvenciranja DNA. Tehnika mikrorazreda posebno se temelji na hibridizaciji koja sadrži skup poznatih ciljeva. Sljedovanje sljedeće generacije temelji se na sintezi (koja koristi DNA polimerazu za inkorporaciju nukleotida) i ima sposobnost sekvenciranja cijelog genoma neovisno o prethodno odabranim ciljevima. To je ključna razlika između sekvenciranja Microarray i Next Generation.
SADRŽAJ
1. Pregled i ključna razlika
2. Što je Microarray
3. Što je sekvenciranje sljedeće generacije
4. Sličnosti između Microarray i sekvenciranje sljedeće generacije
5. Usporedba u usporedbi - Microarray vs Sekvenciranje sljedeće generacije u tabličnom obliku
6. Sažetak
Što je Microarray?
DNA mikromreža koristi se kao laboratorijski alat kako bi se istodobno identificirale tisuće različitih ekspresija gena. To je čvrsta površina, tj. Stakalce za mikroskop, koje sadrži kolekciju mikroskopskih DNA mrlja otisnutih na njemu. Svaka ispisana mrlja sadrži poznati slijed gena ili gen. Te poznate sonde otisnute na dijapozitivu služe kao sonde radi otkrivanja ekspresije gena. Ovo je poznato kao transkriptom. Hibridizacija između dva lanca DNA primarni je princip na kojem se temelje mikromreže. Komplementarno je uparivanje baza sljedova nukleinske kiseline s stvaranjem vodikovih veza.
Slika 01: Microarray
U početku se molekule mRNA prikupljaju iz eksperimentalnog uzorka i referentnog uzorka dobivenog od zdrave osobe. Eksperimentalni uzorci uzimaju se od oboljelih osoba; na primjer, osoba koja boluje od raka. Jednom dobiveni, oba uzorka mRNA pretvaraju se u cDNA (komplementarnu DNA). Zatim se svaki uzorak obilježi pomoću fluorescentne sonde. Fluorescentne sonde su različitih boja za razlikovanje cDNA uzorka od referentne cDNA. Kako bi se iniciralo vezanje molekula cDNA na stakalce mikrorazreda, dva uzorka se pomiješaju. Hibridizacija je postupak kojim se molekule cDNA vežu za DNA sonde na kliznom staklu mikromreže. Nakon završetka hibridizacije,odvija se niz reakcija kako bi se identificirala i izmjerila ekspresija svakog gena s pojavom različitih boja prema količini izraženog gena. Rezultati mikromreže koriste se u stvaranju profila ekspresije gena koji se može koristiti za identificiranje različitih stanja bolesti.
Što je sekvenciranje sljedeće generacije?
Sljedeće generiranje sekvenciranja (NGS) napredna je metoda genetskog sekvenciranja. Njegov je princip sličan onome kod Sangerovog sekvenciranja, što ovisi o kapilarnoj elektroforezi. U NGS-u je genomski lanac fragmentiran i vezan za lanac predloška. Baze svakog lanca identificiraju se emitiranim signalima tijekom procesa povezivanja. U Sangerovoj metodi sekvenciranja uključena su tri odvojena koraka, sekvenciranje, razdvajanje i otkrivanje. Zbog ovih odvojenih koraka, automatizacija pripreme uzorka je ograničena u protoku. U NGS-u se tehnika razvija pomoću sekvenciranja zasnovanog na nizu s kombinacijom koraka Sangerovog postupka sekvenciranja koji mogu uzrokovati paralelno provođenje milijuna reakcijskih serija; to rezultira velikom brzinom i propusnošću uz nisku cijenu.
Slika 02: Događanja u NGS-u
NGS se sastoji od tri koraka; priprema biblioteke (stvaranje knjižnica uz uporabu slučajne fragmentacije DNA), amplifikacija (amplifikacija knjižnice klonskom amplifikacijom i PCR-om) i sekvenciranje. Postupci sekvenciranja genoma koji se izvode tijekom izuzetno dugog trajanja pomoću Sangerovog postupka sekvenciranja mogli bi se završiti za nekoliko sati pomoću NGS-a.
Kakva je sličnost između mikromreže i sekvence sljedeće generacije?
I sekvenciranje Microarray i Next Generation razvijeno je pomoću sekvenciranja zasnovanog na nizu
Koja je razlika između sekvenciranja mikromreža i sljedeće generacije?
Diff Article Sredina prije tablice
Microarray vs sekvenciranje sljedeće generacije |
|
| Microarray je zbirka mikroskopskih DNA mrlja pričvršćenih na čvrstu površinu, koja se koristi za istodobno mjerenje razine ekspresije velikog broja gena. | NGS (sekvenciranje sljedeće generacije) je visokopropusna tehnologija sekvenciranja DNA koja se ne temelji na Sangeru i koja omogućuje paralelno sekvenciranje milijuna ili milijardi DNA lanaca. |
| Interakcije s antigenom | |
| Microarray se temelji na hibridizaciji koja se sastoji od skupa poznatih ciljeva. | NGS se temelji na sintezi koja koristi DNA polimerazu za uključivanje nukleotida i neovisna je o prethodno odabranim ciljevima. |
Sažetak - Microarray vs sekvenciranje sljedeće generacije
U kontekstu istraživanja, sekvenciranje DNA postalo je važan ubrzivač. Široko se koristi u biotehnologiji, medicinskoj dijagnozi i forenzičkim studijama. Razvio se i razvio u učinkovitije i brže postupke sekvenciranja. Mikroredovi i NGS prisutne su dvije napredne tehnike sekvenciranja DNA. Obje su razvijene pomoću sekvenciranja zasnovanog na nizu. Tehnika mikrorazreda oslanja se na hibridizaciju, dok se NGS temelji na sintezi, koja koristi DNA polimerazu za uključivanje nukleotida. To je glavna razlika između sekvenciranja Microarray i Next Generation.
Preuzmite PDF verziju Microarray-a vs sekvenciranje sljedeće generacije
Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti je u izvanmrežne svrhe prema napomeni. Ovdje preuzmite PDF verziju. Razlika između sekvence mikromreža i slijedeće generacije
