Ključna razlika - Exome vs RNA Sekvenciranje
Sekvenciranje nukleinske kiseline tehnika je koja određuje redoslijed nukleotida u određenom fragmentu DNA ili RNA organizma. Sekvenciranje je važno u identificiranju DNA i RNA sastava stanice i razlikovanju određenih gena koji kodiraju funkcionalne proteine; tako se sekvenciranje može koristiti za razumijevanje mutacija ovih gena i ekspresije gena. Sanger metoda sekvenciranja ili naprednije metode sekvenciranja sljedeće generacije su metode sekvenciranja koje se obično koriste. Sekvenciranje exome je sekvenciranje cijelog skupa egzona ili kodirajućih DNA regija prisutnih u organizmu, dok je RNA sekvenciranje postupak sekvenciranja ribonukleinskih kiselina (RNA). To je ključna razlika između sekvenciranja exoma i RNA.
SADRŽAJ
1. Pregled i ključna razlika
2. Što je sekvenciranje exoma
3. Što je sekvenciranje RNA
4. Sličnosti između sekvenciranja exomea i RNA
5. Usporedba - Usporedba Exome i RNA u tabličnom obliku
6. Sažetak
Što je Exome sekvenciranje?
Egzom je podskup genoma koji se sastoji od kodirajućih gena određenog organizma. Kodirajući geni nazivaju se eksonima i prepisuju se u mRNA, a zatim prevode u sekvence aminokiselina. Tijekom post transkripcijskih modifikacija, mehanizam za spajanje RNA u eukariota uklanja introne (nekodirajuće regije), a egzoni ostaju. Dvije su glavne tehnike u kojima se vrši sekvenciranje exome: na temelju rješenja i na osnovi niza.
U sekvenciranju egzoma na bazi otopine, uzorci DNA fragmentirani su ili restrikcijskim enzimima ili mehaničkom metodom i denaturirani toplinom. U ovoj se tehnici koriste biotinilirane oligonukleotidne sonde (mamci) za selektivnu hibridizaciju s ciljnim regijama u genomu. Za korak vezivanja koriste se magnetske perlice streptavidina. Nakon vezanja slijedi korak pranja gdje se nevezane i neciljane sekvence ispiru. Zatim se vezani ciljevi pojačavaju pomoću lančane reakcije polimeraze (PCR), a zatim se sekvenciraju pomoću Sangerovih sekvenciranja ili tehnika sekvenciranja sljedeće generacije.
Slika 01: Sekvenciranje exomea
Metoda temeljena na nizu također je slična metodi koja se temelji na otopini, osim što se fragmenti DNA hvataju u mikro niz, a zatim slijede koraci vezanja i pranja prije sekvenciranja.
Sekvenciranje exoma koristi se u mnogim primjenama, poput genetske dijagnoze bolesti, u genskoj terapiji, identificiranju novih genetskih biljega, u poljoprivredi za utvrđivanje različitih korisnih agronomskih svojstava i u postupcima uzgoja biljaka.
Što je sekvenciranje RNA?
Sekvenciranje RNA temelji se na transkriptomu, koji je cjeloviti transkript stanice. Ključni ciljevi sekvenciranja RNA su katalogizacija svih vrsta transkripta, uključujući mRNA, nekodirajuću RNA i malu RNA, kako bi se utvrdila transkripcijska struktura gena i kvantificirala razina ekspresije svakog transkripta tijekom razvoja. Tijekom sekvenciranja RNA u početku su korištene tehnologije hibridizacije (koje su bile komplementarne DNA izvedene iz zrelih mRNA sekvenci). Trenutno se za sekvenciranje RNA koristi preciznija i naprednija tehnika kroz stavljanje.
Slika 02: RNA sekvenciranje
U sekvenciranju RNA, uzorak RNA koji može biti ukupna RNA ili frakcionirana RNA pretvara se u svoju komplementarnu DNA (cDNA) upotrebom reverzne transkripcije i priprema se cDNA biblioteka. Svaki fragment cDNA pričvršćen je na adaptere s obje strane (sekvenciranje na kraju para) ili s jedne strane (sekvenciranje s jednim krajem). Te označene sekvence sekvenciraju se pomoću Sangerovog sekvenciranja ili sljedeće generacije, poput exome sekvenciranja.
Koje su sličnosti između sekvenciranja exoma i RNA?
- Kratko odabrani fragmenti ili cijeli skup DNA / RNA mogu se koristiti za sekvenciranje Exomea ili RNA.
- Sekvencirani fragmenti sačuvani su u knjižnicama.
- Mogu se koristiti Sanger sekvenciranje ili sekvenciranje sljedeće generacije.
- Obje su metode sekvenciranja in vitro.
- Sekvencirani fragmenti mogu se odrediti pomoću fluorescentnih oznaka.
Koja je razlika između sekvenciranja exoma i RNA?
Diff Article Sredina prije tablice
Exome vs RNA sekvenciranje |
|
| Sekvenciranje exome je sekvenciranje cijelog skupa eksona ili kodirajućih DNA regija prisutnih u organizmu. | RNA sekvenciranje odnosi se na postupak sekvenciranja ribonukleinskih kiselina (RNA); transkriptom. |
| Početni uzorak | |
| Genomska DNA početni je uzorak sekvenciranja eksoma. | RNA je početni uzorak sekvenciranja RNA. |
| Sastav | |
| Sadrži samo kodirajuća područja ukupne DNA poznate kao Exons | Sadrži RNA-mRNA / transkriptom. |
| Nizanje | |
| Dvije su glavne metode sekvenciranja exomea; tehnologije bazirane na rješenjima i nizovima. | Sekvenciranje RNA vrši se pripremom cDNA biblioteke ekstrakcijom ukupne RNK ili fragmentirane RNA. |
Sažetak - Sekvenciranje exome vs RNA
Exome je cjelovit skup kodirajućih područja organizma, a tehnike uključene u određivanje točnog nukleotidnog poretka Exomea poznate su kao sekvenciranje exoma. Sekvenciranje RNA tehnika je koja određuje redoslijed nukleotida RNA organizma. To je razlika između sekvenciranja exoma i RNA.
Preuzmite PDF verziju Exome vs RNA sekvenciranje
Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti je u izvanmrežne svrhe prema napomeni. Ovdje preuzmite PDF verziju. Razlika između sekvenciranja Exome i RNA
