Ključna razlika između hijerarhijskog i sekvenciranja sačmarica cijelog genoma je u tome što se u hijerarhijskom sekvenciranju sačmarica genom razbija na veće fragmente prije sekvenciranja, dok se u sekvenciranju sačmarica cijelog genoma cijeli genom razbija u male fragmente za sekvenciranje.
Sekvenciranje je važna tehnika u molekularnim procesima, posebno u točnoj identifikaciji vrsta. Zapravo je to tehnika prepoznavanja preciznog poretka nukleotida u genu ili genomu. Mnogo je tehnika za sekvenciranje. Neki od njih uključuju metodu Maxam Gilbert, Sanger metodu i automatiziranu Sanger metodu.
