Ključna razlika - RAPD vs RFLP
Genetički biljezi koriste se u molekularnoj biologiji za utvrđivanje genetskih varijacija između jedinki i vrsta. Slučajno pojačana polimorfna DNA (RAPD) i polimorfizam duljine ograničenih fragmenata (RFLP) dva su važna molekularna biljega koja se rutinski koriste u laboratorijima. RAPD se izvodi s kratkim i proizvoljnim oligonukleotidnim početnicima, a zasniva se na slučajnom pojačanju višestrukih mjesta kroz DNA matrice organizma. RFLP se provodi sa specifičnom restrikcijskom endonukleazom, a temelji se na polimorfizmu rezultirajućih restrikcijskih fragmenata i hibridizaciji. Ključna razlika između RAPL i RFLP je u tome što je RAPD vrsta PCR tehnike koja se izvodi bez prethodnog znanja o sekvenci, dok RFLP nije uključen u PCR i za provođenje tehnike zahtijeva prethodno znanje o sekvenci.
SADRŽAJ
1. Pregled i ključna razlika
2. Što je RAPD
3. Što je RFLP
4. Usporedna usporedba - RAPD vs RFLP
5. Sažetak
Što je RAPD?
RAPD je koristan molekularni marker u molekularnoj biologiji. To je brza i jednostavna tehnika. RAPD se može definirati kao metoda koja rezultira polimorfnim sekvencama DNA kao rezultat slučajnog pojačavanja više mjesta ciljanog DNA uzorka. RAPD koristi kratke oligonukleotidne početnice s proizvoljnim sekvencama za PCR amplifikaciju. Primeri se umjetno sintetiziraju bez prethodnog znanja o redoslijedu. Stoga se smatra lakom i korisnom tehnikom.
Sljedeći su glavni koraci uključeni u RAPD.
- Ekstrakcija ciljane DNA
- Pojačanje više mjesta ciljne DNA pomoću nasumično odabranih početnica
- Gel elektroforeza pojačanih PCR proizvoda
- Bojenje etidij-bromidom i identifikacija polimorfizma
Kao rezultat promjene u žarenju temeljnog premaza, tijekom pojačanja stvaraju se različiti ulomci različitih duljina. Stoga se uzorci trakanja na gelovima razlikuju među pojedincima i vrstama. Dakle, RAPD omogućuje otkrivanje genetskih varijacija među organizmima u identifikaciji i diferencijaciji.
RAPD se primjenjuje u raznim studijama molekularne biologije kao što su utvrđivanje genetske razlike između blisko povezanih vrsta, mapiranje gena, DNK otisci prstiju, identifikacija nasljednih bolesti itd.
Slika 01: RAPD
Što je RFLP?
Polimorfizmi s ograničenjem duljine fragmenta (RFLP) molekularni je marker koji se koristi u molekularnoj biologiji za identifikaciju genetskih varijacija u homolognim sekvencama DNA. To je prvi genetski marker razvijen za DNK otiske prstiju. Svi organizmi proizvode jedinstvene DNK profile kada su ograničeni određenim restrikcijskim enzimima. RFLP služi kao važan alat u stvaranju jedinstvenih DNK profila pojedinaca i otkrivanju genetskih varijacija među njima. Kada se DNK uzorci probave specifičnim restrikcijskim endonukleazama, to daje različite DNK profile koji su jedinstveni za svakog pojedinca. Stoga je glavno u ovoj metodi otkrivanje genetskih varijacija među organizmima ograničavanjem homologne DNA sa specifičnim restrikcijskim enzimima i analiza polimorfizma duljine fragmenata gelskom elektroforezom i blotiranjem. Uzorci ubrizgavanja jedinstveni su za svaki organizam i karakteriziraju određene genotipove.
S RFLP-om su uključeni sljedeći koraci.
- Izolacija dovoljne količine DNA iz uzoraka
- Fragmentacija uzoraka DNA sa specifičnim restrikcijskim endonukleazama u kratke sekvence
- Razdvajanje dobivenih fragmenata različitih duljina elektroforezom u agaroznom gelu.
- Prijenos gelskog profila u membranu Southern blot-om
- Hibridizacija membrane s obilježenim sondama i analiza polimorfizma duljine ulomaka u svakom profilu
RFLP ima razne primjene poput dijagnoze nasljednih bolesti, mapiranje genoma, kriminalnu identifikaciju u forenzičkim studijama, ispitivanje očinstva itd.
Slika 02: RFLP genotipizacija
Koja je razlika između RAPD i RFLP?
Diff Article Sredina prije tablice
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD je molekularni marker zasnovan na slučajnim početnicima i PCR-u. | RFLP je molekularni marker zasnovan na proizvodnji različitih ograničavajućih fragmenata duljine. |
| Potreban uzorak | |
| Za RAPD analizu dovoljni su mali uzorci DNA. | Za RFLP analizu potrebna je velika količina izvađenog uzorka DNA. |
| Vrijeme | |
| RAPD je brz proces. | RFLP je dugotrajan proces. |
| Primer upotrebe | |
| Koriste se slučajni početnici, a isti početnici mogu se koristiti za različite vrste. | Sonde specifične za vrstu koriste se u RFLP-u za hibridizaciju. |
| Pouzdanost | |
| Pouzdanost tehnike manja je u odnosu na RFLP. | RFLP je pouzdana tehnika. |
| Upijajući | |
| RAPD uključuje Southern blotting. | Južnjačko mrljanje jedan je korak RFLP-a. |
| Otkrivanje alelnih varijacija | |
| RAPD ne može otkriti alelne varijacije. | Alelne varijacije može otkriti RFLP. |
| Potreba za znanjem sekvence | |
| RAPD ne zahtijeva prethodno znanje o redoslijedu. | Za projektiranje sonde potrebno je prethodno znanje o redoslijedu. |
| PCR | |
| PCR je uključen u RAPD | PCR nije uključen u RFLP. |
| Ponovljivost | |
| RAPD ima nisku obnovljivost | RFLP ima visoku obnovljivost u usporedbi s RAPD-om. |
Sažetak - RAPD vs RFLP
RAPD i RFLP su važni biljezi koji se koriste u molekularnoj biologiji. Obje metode mogu otkriti genetske varijacije među organizmima. RAPD se izvodi pomoću slučajnih primera. RFLP se provodi pomoću specifičnih restrikcijskih enzima. Obje metode proizvode DNK profile jedinstvene za pojedine organizme. RAPD uključuje relativno malo koraka od RFLP-a. Ali daje manje pouzdane i ponovljive rezultate od RFLP-a. To je glavna razlika između RAPD i RFLP.
