Ključna razlika između aerobnih i anaerobnih mikroorganizama je potreba za kisikom za preživljavanje aerobnih mikroorganizama, dok nije za anaerobne mikroorganizme. Odnosno, aerobnim mikroorganizmima je potreban kisik kao konačni akceptor elektrona tijekom aerobnog disanja, dok anaerobnim mikroorganizmima nije potreban kisik za stanično disanje.
Odgovor na kisik osnova je za klasifikaciju mikroorganizama kao aerobnih i anaerobnih. Zbog toga ti mikroorganizmi imaju različite karakteristike da izvršavaju svoje funkcije tijekom staničnog disanja. Stoga aerobni mikrobi prolaze aerobno disanje, dok anaerobni mikrobi prolaze anaerobno disanje.
