Ključna razlika između cis i transmasnih kiselina je u tome što cis masne kiseline imaju dva atoma vodika vezana za dvostruku vezu na istoj strani ugljikovog lanca, dok transmasne kiseline imaju dva atoma vodika vezana za dvostruku vezu u suprotnoj strane lanca ugljika.
Masne kiseline su karboksilne kiseline koje sadrže duge alifatske ugljikove lance koji su ili zasićeni ili nezasićeni. To znači da alifatski lanac može ili ne mora sadržavati dvostruke veze između atoma ugljika. Cis i transmasne kiseline dva su oblika nezasićenih masnih kiselina.
