Ključna razlika između acidofilnih i bazofilnih je u tome što acidofilne komponente stanice vole kiselinu, a kisele boje koriste se za njihovo bojenje, dok bazofilne komponente stanice vole bazu, a osnovne boje koriste se za njihovo bojenje.
Bojanje je tehnika koja se koristi za vizualizaciju stanica i njihovih komponenata, jer su mnoge stanice bezbojne i prozirne. Neke komponente stanice vole kiselinu, dok neki dijelovi vole bazu. Kisela i osnovna bojila dvije su vrste boja koje se često koriste u postupcima navođenja. Bazofilno bojanje koristi osnovne boje, dok acidofilno bojanje koristi kisele boje. Stoga se acidofilne komponente ili komponente koje vole kiselinu vežu s kiselim bojama, dok se bazofilne ili bazne komponente vezuju s osnovnim bojama.
