Ključna razlika između genoma i genskog fonda je u tome što se genom odnosi na cjelokupnu DNK organizma, dok se genski fond odnosi na komplet jedinstvenih gena križane populacije.
Gen je osnovna strukturna jedinica nasljedstva. Geni prelaze s roditelja na potomstvo putem spolnih stanica. Također, prisutni su u genomu organizma. Genom je kompletan skup DNK organizma. Genski fond je također sličan pojam. Ali, on predstavlja kolekciju svih gena prisutnih u populaciji ili vrsti. Za razliku od genoma, genski fond je mješavina gena populacije. Sukladno tome, genski fond predstavlja sve moguće alele prisutne u toj određenoj populaciji.
