Ključna razlika između medicinske kemije i farmaceutske kemije je u tome što se medicinska kemija bavi dizajniranjem, optimizacijom i razvojem novih kemijskih spojeva kako bi ih koristili kao lijekove, dok se farmaceutska kemija bavi proučavanjem lijekova i njihovim razvojem.
I medicinska i farmaceutska kemija bave se lijekovima ili lijekovima koje koristimo za liječenje različitih bolesti. Oba ova područja raspravljaju o dizajniranju i razvoju lijekova s vrlo malim razlikama. Jedna od takvih razlika je ta što medicinska kemija proučava ne samo lijekove već i mehanizme djelovanja tih lijekova u našem tijelu.
