Ključna razlika između prokariotskog i eukariotskog genoma je u tome što je prokariotski genom prisutan u citoplazmi, dok se eukariotski genom nalazi unutar jezgre.
Genom se odnosi na cjelokupnu zbirku DNA organizma. Drugim riječima, genom je genetski materijal organizma koji sadrži ukupne genetske informacije. Većina organizma ima genom napravljen od DNA. Međutim, neki genomi se temelje na RNA. Kao primjer, određeni virusi imaju RNA genom. Kad se razmatra ukupni genetski materijal organizma, on ne uključuje samo gene ili kodirajuće sekvence. Uključuje i gene i nekodirajuće sekvence DNA.
Budući da genetske informacije unutar genoma leže u obliku gena, geni se podvrgavaju transkripciji i translaciji kako bi proizveli proteine. Postoji razlika između procesa ekspresije prokariotskog i eukariotskog genoma. Nadalje, pohrana i replikacija oba genoma također se razlikuju među prokarionima i eukarionima. Ali struktura DNA ostaje ista (Double Helix) u oba organizma. Glavna razlika između prokariotskog i eukariotskog genoma odnosi se na staničnu organizaciju organizama i tamo gdje genom boravi.
