Ključna razlika između prokariotske i eukariotske DNA je u tome što prokariontska DNA slobodno pluta u citoplazmi, dok se eukariotska DNA nalazi unutar jezgre.
Dvije su glavne kategorije živih organizama kao što su prokarioti i eukarioti. Međusobno se razlikuju po svojoj staničnoj organizaciji. Sukladno tome, prokarioti imaju jednostavnu staničnu organizaciju. Nedostaje im jezgra i membrane vezane organele. S druge strane, eukarioti imaju složenu staničnu organizaciju. Imaju istinsku jezgru koja sadrži DNA i također membranski vezane stanične organele. Svi su prokarioti jednoćelijski dok su eukarioti jednoćelijski ili višećelijski organizmi. Prokarioti i eukarioti uglavnom sadrže DNA genome. Njihova DNK zapakirana je u kromosome. Budući da prokarioti nemaju jezgru, njihova DNA slobodno pluta u citoplazmi. Međutim, kod eukariota kromosomi se nalaze unutar jezgre. Stoga nuklearna membrana zatvara svu eukariotsku DNA.
