Ključna razlika između prokariontske i eukariotske topoizomeraze je stanično podrijetlo topoizomeraze. Prokariotske topoizomeraze prisutne su u stanicama prokariontskog staničnog podrijetla, dok su eukariotske topoizomeraze prisutne među organizmima eukariotskog staničnog podrijetla. Nadalje, razlikuju se i u distribuciji. Prokariotske topoizomeraze prisutne su u citoplazmi stanice, dok su eukariotske topoizomeraze raspoređene u jezgri.
Izomeraza je skupina enzima koji kataliziraju strukturno preslagivanje molekula. Topoizomeraza je jedna vrsta izomeraza. Modificira topologiju molekule DNA regulirajući superpovijanje DNA. Reže i ponovno brtvi jedan ili oba lanca DNK dupleksa. Stoga je DNA sposobna za replikaciju, transkripciju, popravak i kromosomsku segregaciju. Postoje dvije vrste topoizomeraza, naime topoizomeraza I i II.
