Ključna razlika između 1D i 2D gel elektroforeze su svojstva koja se koriste za odvajanje proteina na gel elektroforezi. 1D gel elektroforeza razdvaja proteine samo na temelju molekularne težine, dok 2D gel elektroforeza razdvaja proteine na temelju njihove izoelektrične točke i molekularne težine.
Odvajanje proteina gelskom elektroforezom važna je tehnika za karakterizaciju proteina. Proteini imaju različita svojstva; stoga je odvajanje složenije u usporedbi s odvajanjem DNA elektroforezom u agaroznom gelu.
