Ključna razlika između piridina i pirimidina je u tome što struktura piridina podsjeća na strukturu benzena s jednom metilnom skupinom zamijenjenom atomom dušika, dok pirimidinska struktura, iako previše nalikuje strukturi benzena, ima dvije metilne skupine zamijenjene atomima dušika.
Piridin i pirimidin su organski spojevi. Oni su nazvani heterocikličkim organskim spojevima jer su cikličke strukture s dvije različite vrste atoma koji čine prsten. Te prstenaste strukture sadrže atome ugljika i dušika.