Ključna razlika između gametofitske i sporofitske samokompatibilnosti je u tome što se u gametofitskom sustavu samokompatibilnosti fenotip peludi određuje svojim gametofitskim haploidnim genotipom, dok se u sporofitnoj samokompatibilnosti fenotip peludi određuje diploidnim genotipom biljke.
Samokompatibilnost je mehanizam kontrole oprašivanja u biljkama. Prvenstveno sprječava samoprašivanje i provodi unakrsno oprašivanje, što je evolucijski povoljno. Samokompatibilnost se javlja kao rezultat negativnih kemijskih interakcija između peluda i stilskog tkiva unutar istog alela. Iako su peludi i plodovi održivi i plodni, u tim biljkama nema klijanja peludi. Kada se ne dogodi klijanje peludi, peludna cijev ne može nastati. Tada pelud ne uspijeva dostaviti muške spolne stanice u ženske spolne stanice radi oplodnje. Kao rezultat toga, oni ne mogu proizvesti sjeme.
Postoje dva glavna sustava samokompatibilnosti kao gametofitska samokompatibilnost i sporofitska samokompatibilnost. Oni su sustavi samokompatibilnosti s jednim lokusom koji se temelje na jednom višealelnom lokusu (S). Ovaj se lokus sastoji od jednog tučka koji eksprimira S gen i jednog peluda koji eksprimira S gen.
