Ključna razlika između vektora umetanja i zamjene je da vektor umetanja ima sposobnost umetanja umjerenih duljina stranog DNA, dok zamjenski vektor ima sposobnost prilagoditi veće duljine stranog DNA.
Vektori faga su bakteriofagi koji se koriste za kloniranje. Postoje dvije vrste vektora faga; oni su vektor umetanja i zamjenski vektor. Također, svi vektori faga sastoje se od nebitnih gena. Međutim, ti geni moraju biti uklonjeni iz faga kako bi se olakšali novi ubacivanja stranih DNA.