Ključna razlika između vektora kloniranja i vektora ekspresije je ta što vektor kloniranja nosi strani DNA fragment u stanicu domaćina, dok ekspresijski vektor olakšava ekspresiju gena u proteine.
Vektor je važan pojam u molekularnoj biologiji. U tehnologiji rekombinantne DNA, glavna uloga vektora je pružiti način transporta do korisne frakcije DNA koja se ubacuje u stanicu domaćina. Štoviše, to je molekula DNA koja se koristi za umjetni prijenos stranog DNA fragmenta u stanicu domaćina koja se želi eksprimirati ili replicirati. Vektori koji se najčešće koriste su plazmidi, virusni vektori, kozmidi i umjetni kromosomi. Klonski vektor i vektor ekspresije dvije su vrste vektora klasificirane na temelju njihove primjene.