Ključna razlika između polihatomskih iona i spojeva je u tome što polihatomski ioni imaju pozitivan ili negativan električni naboj, dok spojevi nemaju neto električni naboj.
Poliatomski ion je pojam kojim nazivamo kemijske vrste koje sadrže dva ili više atoma koji imaju neto negativni ili pozitivni električni naboj. Električni naboj ovog iona rezultat je broja elektrona prisutnih u svakom atomu; ako u atomima ima više elektrona od ukupnog broja protona, on dobiva neto negativni naboj i obrnuto. S druge strane, spojevi su kemijske vrste bez električnog naboja. Imaju jednak broj elektrona i protona.