Ključna razlika između molekule i atoma je ta što je molekula kombinacija dva ili više atoma kemijskim vezanjem, dok je atom pojedinačna kemijska vrsta koja se međusobno može kombinirati u molekule i ione.
Sva se materija na svijetu sastoji od atoma i molekula, stoga ih možemo smatrati gradivnim elementima svega na ovom planetu, uključujući i nas. Laički rečeno, možemo reći da je najosnovnija i ujedno najmanja jedinica bilo kojeg kemijskog elementa atom. Kemijski element je vrsta atoma. Na primjer, najmanja jedinica plina kisika je atom kisika; možemo ga predstaviti slovom O. Međutim, ovaj atom kisika ne postoji neovisno i tek kada se kemijski kombinira s drugim atomom kisika postaje stabilan. Tada postaje molekula, a možemo je predstaviti kemijskom formulom O 2.
