Ključna razlika između genetske udaljenosti i fizičke udaljenosti je vrsta sekvence koja se koristi za analizu udaljenosti između dvije populacije iste vrste. Genetska udaljenost mjeri genetsku divergenciju između vrsta ili između populacija unutar vrste, dok fizička udaljenost mjeri broj nukleotida između dva markera.
Genetska udaljenost i fizička udaljenost pružaju uvid u evolucijske odnose između dvije populacije vrste. Stoga karte udaljenosti omogućuju povezivanje populacija na temelju genetskih podataka. Sekvenciranje genoma i analiza bioinformatike igraju važnu ulogu u određivanju i genetske i fizičke udaljenosti.
