Ključna razlika između HPLC i GC je u tome što HPLC koristi čvrstu stacionarnu fazu i tekuću pokretnu fazu, dok GC koristi tekuću stacionarnu fazu i plinovitu pokretnu fazu.
HPLC i GC su obje metode odvajanja spojeva od smjese. Dok se HPLC odnosi na tekućinsku kromatografiju pod visokim tlakom, GC je jednostavno plinska kromatografija. Dakle, HPLC se odnosi na sastojke koji su tekućine, ali GC je koristan kada su spojevi plinoviti ili spojevi koji prolaze isparavanje tijekom postupka odvajanja. Međutim, obje imaju isti temeljni princip da teške molekule teku sporije od lakših.
