Ključna razlika između cijanobakterija i proteobakterija ne može se posebno utvrditi. Međutim, cijanobakterije, poznate kao plavozelene alge, potpuno su fotosintetske, dok proteobakterije sastoje od velikog broja gram negativnih organizama od kojih su neki organizmi fotosintetički.
Iako cijanobakterije i proteobakterije dijele mnoštvo zajedničkih karakteristika, na temelju njihove sposobnosti fotosinteze, mogu se međusobno razlikovati. Međutim, obojica su industrijski važni organizmi, kao i organizmi koji uzrokuju bolesti.
