Ključna razlika između plavozelenih algi i zelenih algi je u tome što su plavozelene alge prokariotski organizmi koji pripadaju kraljevstvu Monera, dok su zelene alge eukariotski organizmi koji pripadaju kraljevstvu Protista.
Fotosinteza je postupak koji pokazuju fotoautotrofi. To je proces koji sintetizira ugljikohidrate (hranu) hvatanjem energije iz sunčeve svjetlosti. Postupak zahtijeva prisutnost fotosintetskih pigmenata, CO 2 i vode. Fotoautotrofi posjeduju fotosintetski pigmenti za provođenje fotosinteze. Tri su glavne skupine fotoautotrofa kao biljke, cijanobakterije (plavozelene alge) i alge (uključujući zelene alge). Stoga su i plavozelene alge i zelene alge fotosintetski organizmi. Međutim, plave zelene alge su prokariotski organizmi, dok su zelene alge eukariotski organizmi. Sukladno tome, postoji razlika između plavozelenih algi i zelenih algi na temelju njihove stanične organizacije i drugih karakteristika.
