Ključna razlika između alela i genotipa je u tome što je alel jedan od varijantnih oblika gena koji se nalazi na istom genetskom lokusu kromosoma, dok je genotip genetska konstitucija određene osobine.
Genetika je proučavanje gena i nasljednih obrazaca u organizmima. Kromosomi su strukture koje sadrže genetske informacije organizma. Stoga u eukariota postoji određeni broj kromosoma prisutnih u genomu. Svaki kromosom ima tisuće gena koji su specifična područja kromosoma. Zapravo, geni su strukturne jedinice u genetici koje pohranjuju genetske informacije za proizvodnju proteina. Svaki gen ima dvije kopije koje potječu od svakog roditelja.
Slično tome, alel je varijanta gena ili oblika gena. Štoviše, svaki gen ima dva oblika alela koji određuju karakteristiku koju kodira gen. Dakle, genotip je genetski sastav organizma koji se određuje raspodjelom alela u različitim genima.
