Ključna razlika između gena i alela je u tome što je gen specifična nukleotidna sekvenca koja kodira određeni protein, dok je alel varijanta gena ili dominantna ili recesivna varijanta.
Gen je osnovna jedinica nasljedstva. Točnije, ima precizan nukleotidni slijed koji kodira određenu molekulu proteina, što daje određenu osobinu. Geni prelaze s roditelja na potomstvo. Stoga su genetske informacije potrebne za cjelokupno funkcioniranje organizma pohranjene u obliku gena. Osim toga, jedan kromosom ima mnogo gena. Stoga određeni gen ima određeno mjesto u kromosomu, što nazivamo lokusom. Obično gen ima dva alternativna oblika koja se nazivaju aleli. Jednostavnim riječima, aleli su varijante gena ili dominantna varijanta ili recesivna varijanta. Smještene su na istoj razini kao i sestrinske kromatide kromosoma.
