Ključna razlika između ektomikorize i endomikorize je u tome što gljivične hife ne prodiru u kortikalne stanice korijena biljke u ektomikorizama, dok gljive hife prodiru u kortikalne stanice korijena biljke u endomikorizama.
Mikoriza je važan simbiotski odnos koji se javlja između gljivica i korijena viših biljaka. I gljive i biljke imaju koristi od ove udruge. Gljivične hife prodiru u tlo i donose hranjive sastojke biljkama dok biljke također pružaju korist gljivama. Dakle, to je ekološki važan odnos. Najvažnije je da gljivične hife mogu narasti nekoliko metara i prenijeti vodu i hranjive sastojke, posebno dušik, fosfor, kalij do korijena. Štoviše, mikorizna udruga štiti biljku od patogena korijena. Stoga se manje vjerojatno da će se simptomi nedostatka hranjivih sastojaka pojaviti u biljkama koje su u tim simbiotskim asocijacijama. Postoje dvije vrste mikorize kao ektomikoriza i endomikoriza.
