Ključna razlika između kolonizacije i infekcije je u tome što je kolonizacija proces uspostavljanja mikroba u tjelesnim tkivima, dok je infekcija proces napada mikroba u tjelesna tkiva da bi se izazvali simptomi bolesti.
Patogenost mikroba je cjelovit biokemijski i strukturni proces koji je definiran cjelovitim mehanizmom u kojem mikroorganizam uzrokuje bolest. Na primjer, patogenost bakterija može biti povezana s različitim komponentama bakterijske stanice kao što su kapsula, fimbrije, lipopolisaharidi (LPS) i druge komponente staničnog zida. Također ga možemo povezati s aktivnim lučenjem tvari koje oštećuju tkiva domaćina ili štite bakterije od obrane domaćina. Kolonizacija i infekcija dva su pojma u mikrobiološkoj patogenosti. Prva faza mikrobne patogenosti je kolonizacija. Poznat je kao ispravna uspostava patogena u tkivima domaćina. Suprotno tome, infekcija je invazija patogena u tjelesna tkiva koja uzrokuje bolest.
