Ključna razlika između cis cikloheksana i transcikloheksana je u tome što cis cikloheksan ima supstituente koji upućuju na istu ravninu prstena, dok trans cikloheksan ima supstituente usmjerene na suprotne ravnine.
Cikloheksan je cikloalkan u kojem je šesteročlani ugljični prsten koji postoji u konformaciji stolice. U konformaciji stolice, ovaj spoj ima najmanji kut naprezanja; tako je stabilniji od ostalih mogućih konformacija. Štoviše, u ovoj konformaciji polovica atoma vodika povezanih s atomima ugljika nalazi se u ravnini prstena. To nazivamo ekvatorijalnim pozicioniranjem. Druga polovica nalazi se okomito na ravninu prstena. To nazivamo aksijalnim pozicioniranjem. Kada postoje dva ili više supstituenata u cikloheksanu, možemo promatrati cis i trans izomeriju promatrajući jesu li supstituenti u ekvatorijalnom ili aksijalnom položaju.
