Ključna razlika između amplifikacije gena i kloniranja gena je u tome što je amplifikacija gena postupak stvaranja mnogih kopija gena od interesa in vitro lančanom reakcijom polimeraze. No, kloniranje gena postupak je stvaranja mnogih kopija gena od interesa in vivo stvaranjem rekombinantnog plazmida i pretvaranjem u bakteriju domaćina.
Gen je specifični fragment DNA koji kodira protein. Organizam posjeduje tisuće gena. Štoviše, moguće je umnožiti DNA sekvence važnih gena pomoću molekularno-bioloških tehnika. Pojačanje gena i kloniranje gena dva su takva postupka. Oba postupka daju mnogo kopija gena od interesa. Međutim, postoji razlika između amplifikacije gena i kloniranja gena u smislu njihove metodologije.
