Ključna razlika između plastokinona i plastocijanina je u tome što je plastokinon lipofilna molekula nosača koja prenosi elektrone u plastocijanin putem proteinskog kompleksa citokroma b6f. Ali, plastocijanin je mali u vodi topljiv protein plavog bakra koji prihvaća par elektrona iz kompleksa citokroma b 6 f i prosljeđuje ga fotosustavu I u tilakoidnom prostoru.
Fotosinteza ima dvije vrste reakcija kao reakcije ovisno o svjetlu i o svjetlu neovisne reakcije. Ove dvije vrste fotosustava igraju važnu ulogu u reakcijama ovisno o svjetlu. Oni su fotosustav I i II. Fotosustavi su veliki kompleksi bjelančevina i pigmenata ili molekula koje apsorbiraju svjetlost. Hvataju energiju sunčeve svjetlosti. P700 je reakcijsko središte fotosustava I, dok je P680 reakcijsko središte fotosustava II. Svaki fotosustav apsorbira svjetlost i stvara ATP fotofosforilacijom. Oni također proizvode NADPH. Nekoliko vrsta akceptora elektrona sudjeluje u svjetlosno ovisnim reakcijama. Plastokinon i plastocijanin dvije su vrste molekula koje sudjeluju u lancu transporta elektrona.
