shRNA vs siRNA
Tijekom procesa interferencije RNA (RNAi), ekspresija ciljnog gena srušena je s visokom specifičnošću i selektivnošću. RNAi je prirodni proces i uključuje malu interferirajuću RNA (siRNA) i kratku RNA ukosnicu (shRNA) i bi-funkcionalnu shRNA. Trenutno se RNAi široko koristi kao alat za personaliziranu terapiju raka. Primjena RNAi u osnovi se vrši kemijski sintetiziranom dvolančanom siRNA i molekulama shRNA na osnovi vektora. Iako ove dvije molekule imaju slične funkcionalne ishode, razlikuju se u svojoj strukturi; tako se molekularni mehanizmi djelovanja, putevi RNA i neciljni učinci ove dvije molekule također razlikuju.
shRNA
shRNA je slijed male molekule RNA koja čini čvrsto okretanje ukosnicom koja se može koristiti za utišavanje ekspresije ciljnog gena tijekom RNAi. Ekspresija shRNA postiže se vektorom, koji može biti virus ili bakterija ili isporukom plazmida. Oni se sintetiziraju u jezgri stanica i prenose u citoplazmu za daljnje procese. Te molekule imaju slične puteve sazrijevanja miRNA; tako je sinteza miRNA pružila temelje za razumijevanje sinteze shRNA. Bilo RNA polimeraza II ili III mogu transkribirati shRNA kroz promotore RNA polimeraze II ili III. Prednost upotrebe shRNA je u tome što imaju relativno nisku stopu razgradnje i prometa. Mana je što mu je potreban vektor ekspresije, što može uzrokovati neke sigurnosne probleme.
siRNA
siRNA su dvolančane molekule RNA sastavljene od 20-25 parova baza duljine. Oni se koriste za supresiju gena utišavanjem bilo kojeg gena s komplementarnom nukleotidnom sekvencom u RNAi putu. Nokiranje gena transfekcijom siRNA često je neuspješno zbog prolaznog učinka; posebno u stanicama koje se brzo dijele i suzbijanje ne traje duže. Da bi se prevladalo ovo pitanje, siRNA se modificira uvođenjem kratke strukture ukosnice. Ova modificirana molekula tada poznata kao shRNA. shRNA bi Dicer trebao pretvoriti u siRNA kako bi nastavio s normalnom funkcijom.
Koja je razlika između shRNA i siRNA?
• Za razliku od siRNA, shRNA ima dodatnu strukturu ukosnice. shRNA je modificirana verzija siRNA.
• shRNA zahtijeva vektor ekspresije, dok siRNA ne.
• shRNA se može koristiti za dugoročno nokdaun, dok se siRNA može koristiti samo za kratkotrajno nokdaun gena.
• Za razliku od supresije gena siRNA, supresija shRNA je dugotrajna i ako se ubaci putem odgovarajućeg virusnog vektora, može proizvesti trajne učinke prigušivanja gena.
• Dicer je potreban za pretvorbu shRNA natrag u molekulu siRNA kako bi izvršio svoje normalne funkcije.
