Ključna razlika između cilija stereocilije i mikrovili je u tome što su cilije sićušne strukture poput dlačica sastavljene od mikrotubula, dok su stereocilije snopovi izbočina poput dlaka sastavljenih od aktinskih filamenata, a mikrovili su nabori staničnih membrana sastavljenih od aktinskih filamenata.
Cilia, stereocilia i microvilli mogu se pojaviti kao slične strukture kada se promatraju izvana. Ali oni se međusobno strukturno i funkcionalno razlikuju. Oni su mikroskopske strukture poput dlaka. Štoviše, to su proteinska vlakna koja se šire prema van od stanica.
