Ključna razlika između epistaze i pleiotropije je u tome što je epistaza fenomen u kojem jedan gen na jednom lokusu mijenja fenotipsku ekspresiju gena na drugom lokusu, dok pleiotropija objašnjava fenomen u kojem jedan gen utječe na više fenotipskih svojstava.
Epistaza i pleiotropija dva su fenomena u genetici. Epistaza se javlja kada više fenotipa određuje jedan fenotip. Stoga u epistazi jedan gen utječe na ekspresiju drugog gena smještenog na drugom lokusu. Suprotno tome, pleiotropija se javlja kada jedan gen određuje više fenotipova. Dakle, jedan gen doprinosi višestrukim karakteristikama. I epistaza i pleiotropija varijacije su Mendelove baštine.
