Ključna razlika - cDNA vs Genomska knjižnica
Postoje dvije glavne vrste DNA biblioteka koje su znanstvenici izgradili koristeći tehnike genetskog inženjeringa. To su cDNA knjižnica i Genomska knjižnica. Ključna razlika između cDNA i genomske knjižnice je u tome što cDNA knjižnica sadrži kloniranu komplementarnu DNA ukupne mRNA organizma, dok genomska DNA knjižnica sadrži klonirane fragmente cjelokupnog genoma organizma. Biblioteka genomskih DNA veća je od knjižnice cDNA.
SADRŽAJ
1. Pregled i ključna razlika
2. Što je cDNA knjižnica
3. Što je genomska knjižnica
4. Usporedna usporedba - cDNA vs Genomska knjižnica
5. Sažetak
Što je genomska knjižnica?
Biblioteka genomskih DNA zbirka je klonova koji nose fragmente ukupne genomske DNA organizma. Sadrži cijelu genomsku DNA tog organizma, uključujući kodirajuće i nekodirajuće sekvence. Konstrukcija genomske biblioteke izvodi se tehnologijom rekombinantne DNA nakon čega slijedi kloniranje (genetski inženjering). U konstrukciju su uključeni različiti koraci, kao što je prikazano na slici 01. Proces započinje izolacijom genomske DNA. Koristeći prikladan protokol ekstrakcije DNA, treba izolirati ukupnu genomsku DNA organizma. Tada bi DNK trebalo pretvoriti u upravljačke veličine ili u određene fragmente restrikcijskim endonukleazama (enzimi za rezanje DNA). Fragmentiranu DNA treba umetnuti u vektore pomoću DNA ligaza (enzimi koji se spajaju s DNA). Vektor je samoreplicirajući se organizam. Plazmidi i bakteriofagi često su korišteni vektori u tehnologiji rekombinantne DNA. Ti podvezani vektori poznati su kao rekombinantne molekule DNA jer nose i vlastite i umetnute DNA sekvence. Rekombinantni vektori dodani su bakteriji domaćinu i napravljeni tako da usvoje rekombinantne vektore unutar bakterijske stanice. Bakterije s rekombinantnim vektorima (plazmidi) trebaju se uzgajati u kulturi medija. Tijekom razmnožavanja bakterija, bakterijska DNA, zajedno s rekombinantnim plazmidima, replicira svoje genome i stvara klonove. Ti klonovi sadrže čitav genom izvornog organizma. Stoga se naziva genomskom bibliotekom. Plazmidi se lako mogu odvojiti od bakterijske kromosomske DNA da bi se izgradila genomska biblioteka tog organizma. Ako određeni organizam sadrži zainteresirane gene,lako ga je otkriti u genomskoj biblioteci hibridizacijom pomoću molekularnih sondi (markera).
Genomske knjižnice važne su za proučavanje genomske strukture i funkcije, specifičnih gena, lokacije gena, mapiranja gena, mutacija, sekvenciranja gena, identifikacije novih terapijskih gena itd.
Slika_1: Izgradnja genomske biblioteke
Što je cDNA biblioteka?
Biblioteka cDNA zbirka je klonova komplementarne DNA (cDNA) sintetiziranih iz ukupne mRNA organizma. Postupak gradnje uključuje različite korake. Pročišćavanje ukupne mRNA iz organizma prvi je uključeni korak. Izolirana mRNA pretvara se u cDNA niti postupkom koji se naziva reverzna transkripcija. Obrnutu transkripciju olakšava enzim nazvan reverzna transkriptaza. Koristi malu 3 'početnicu i započinje sintezu prvog cDNA lanca komplementarnog lancu mRNA predloška. Dobivena dvolančana cDNA pretvara se u manje fragmente pomoću restrikcijskih endonukleaza i ubacuje u prikladne vektore. Te konstruirane rekombinantne molekule zatim se dodaju u organizam domaćina i uzgajaju se u mediju za kulturu kako bi se dobili klonovi. Zbirka klonova koji sadrže cDNA fragmente organizma poznata je kao cDNA biblioteka. Potpuno narezana zrela mRNA ne sadrži introne i regulatorna područja. Stoga nekodirajući fragmenti nisu prisutni u cDNA knjižnicama, za razliku od genomske knjižnice.
cDNA knjižnice važne su za analizu kodirajućih regija, genskih funkcija, ekspresije gena itd.
Slika_2: Izgradnja knjižnice cDNA
Koja je razlika između cDNA i Genomic Library?
Diff Article Sredina prije tablice
cDNA vs Genomska knjižnica |
|
| cDNA biblioteka je zbirka klonova koji nose komplementarnu DNA mRNA organizma | Genomska biblioteka zbirka je klonova koji nose ukupnu genomsku DNA organizma. |
| Kodiranje vs nekodirajuće sekvence | |
| knjižnica cDNA sadrži samo kodirajuće sekvence; ne sadrži introne. | Genomska se biblioteka sastoji od cijele genomske DNA, uključujući nekodirajuću (intronsku i regulatornu) DNA. |
| Veličina | |
| knjižnica cDNA je mala. | Genomska knjižnica je velika. |
| Početni materijal | |
| Polazni materijal je mRNA | Polazni materijal je DNA. |
| Uključivanje obrnute transkripcije. | |
| Obrnuta transkripcija događa se u sintezi prvog lanca cDNA. | Obrnuta transkripcija se ne događa. |
Sažetak - cDNA i Genomska knjižnica
Genomska biblioteka predstavlja populaciju klonova koja nosi fragmentiranu ukupnu genomsku DNA organizma. cDNA biblioteka predstavlja populaciju klonova koji nose komplementarnu DNA ukupne mRNA organizma. Klon cDNA sadrži samo sekvence pronađene u mRNA, dok genomski klon sadrži sekvence cijelog genoma. To je razlika između cDNA i genomske biblioteke.
